Salah satu keunggulan MAI-BU adalah pembelajaran kitab kuning yang terprogram selama tiga tahun masa pendidikan. Santri dibimbing untuk memahami dasar-dasar ilmu keislaman melalui kitab-kitab klasik (salaf) yang menjadi ciri khas pesantren.

Pembelajaran kitab kuning ini dipadukan dengan kurikulum pendidikan formal, sehingga santri mendapatkan keseimbangan antara ilmu agama dan ilmu umum. Integrasi ini bertujuan agar lulusan MAI-BU memiliki wawasan keislaman yang kuat sekaligus mampu mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.

Dengan pendekatan tersebut, MAI-BU berupaya mencetak generasi yang tidak hanya cerdas secara intelektual, tetapi juga matang secara spiritual dan sosial.